La construcción de esta línea tuvo varias etapas. El primer tramo, de 3,08 km, entre Plaza Constitución y la intersección de las calles San Juan y Gral. Urquiza, se inauguró en 1944, para llegar 6 meses más tarde al apeadero provisorio Boedo. A partir de 1966, la Línea E modifica su recorrido abarcando desde Plaza de Mayo a Av. La Plata, utilizando para ello dos nuevos tramos del túnel, uno entre San José y Bolívar y el otro entre Boedo y Av. La Plata.
Con este nuevo trazado, el túnel alcanzó una longitud total de 7,4 km. La siguiente etapa fue inaugurada en 1973, año en el que su cabecera fue prolongada hasta la actual Estación José María Moreno. En 1985 se realizó la prolongación que sumó las estaciones Emilio Mitre, Medalla Milagrosa y Varela, culminando en 1986 con la estación Plaza de los Virreyes – Eva Perón.
Finalmente en 2019 quedaron inauguradas tres nuevas estaciones, Correo Central, Catalinas y Retiro. De esta manera, la línea alcanzó un total de 18 estaciones y una extensión de 11,6 km. El eje principal de su recorrido es bajo Av. San Juan y une las cabeceras de Plaza de los Virreyes y Retiro.
