Abrió sus puertas el 6 de octubre de 1921, con el nombre de Museo Municipal de Buenos Aires. Su primera sede funcionó en la planta alta de Corrientes 939. En 1936, debido al ensanche de la calle Corrientes, se trasladó a Cerrito 281 y en mayo de 1937 a Quintana 84-88. En 1941, la Comisión Interventora de Vecinos del Concejo Deliberante resolvió destinar el edificio existente en la ex estancia Saavedra para sede del Museo (Av. Crisólogo Larralde 6309), y decidió darle el nombre “Cornelio de Saavedra”.
El 25 de mayo de 1942 el Museo Histórico Cornelio de Saavedra abrió sus puertas en su nueva y definitiva sede, recostada sobre la avenida General Paz, límite entre la ciudad de Buenos Aires y los partidos de San Martín y Vicente López. Fue construida entre los años 1870 y 1880. Es una típica villa de familia pudiente de arquitectura italianizante, planta en forma de “U”, techos de azotea con pretil y pórtico de líneas corintias. Contaba con dependencias para el personal de servicio, vivienda para el mayordomo, cocheras, galpones para la cría de toros y caballos, corrales para ovejas, cabras y cerdos, un hermoso palomar y un tambo. El arquitecto Manuel Domínguez modificó la casa adaptándola al estilo de las quintas aledañas a Buenos Aires de la primera mitad del siglo XIX.
En 1947 se decidió integrar las colecciones del Museo de la Ciudad de Buenos Aires que funcionaba en el barrio de Flores. Se recuperaron parte de sus colecciones y con ellas su propósito original vinculado con la historia de la ciudad desde su fundación. En 1964 se incorporó un segundo edificio y en 1980 un tercero con el que se conformó la actual estructura edilicia. En sus diez salas de exhibiciones permanentes se expone el patrimonio del Museo que desde 1921 se fue enriqueciendo a partir del núcleo fundacional de Ricardo Zemborain, cuyo objeto es ofrecer diversas reflexiones sobre la historia, la política, la economía y la vida social a partir de sus colecciones de platería urbana, mobiliario y objetos de arte y decorativos, peinetones y alhajas femeninas (colecciones Miguel Gambín y Zemborain), vestimenta y elementos de las modas y las costumbres masculinas y femeninas de siglo XIX, y platería rural (Colección Alfredo y Sara Davis de Keen).
El Museo Saavedra intenta reflexionar sobre lo que muestran y ocultan sus colecciones, así como las posibles y distintas lecturas que ellas admiten. Es que, originalmente los museos de historia fueron concebidos, y éste no es la excepción, más como espacios de veneración laica que como espacios de reflexión y conocimiento. En palabras de Nietzsche: “mientras el pasado tenga que ser descripto como algo digno de ser imitado, como imitable y posible otra segunda vez, corre, ciertamente, el peligro de ser distorsionado, de ser embellecido, y se acerca así a la pura invención poética; incluso hay épocas que no son capaces de distinguir entre un pasado monumental y una ficción mística porque exactamente los mismos estímulos pueden extraerse de uno y otro mundo”.